船隻通過需注淡水控制升降

巴拿馬運河的結構跟蘇彝士運河不同，前者使用船閘來把船隻升降，因此需要大量淡水，也更易受乾旱困擾。

巴拿馬運河經過的地方有一定的高低起伏，加通湖（Gatun Lake）較海水水平面高26米，因此要解決船隻「上樓梯、落樓梯」的問題。運河在大西洋和太平洋入口都各設3個船閘，船隻進入運河後，要在船閘內的空間，工作人員注入淡水，令浮在水面的船隻升高，這個過程進行3次，才能達到加通湖的高度。當船隻準備離開時，要經過3個船閘，但這次相反，把船下的水抽走，降回海洋的高度。船隻每橫過一次巴拿馬運河，便要使用2億公升淡水，這些淡水會排出海洋。

全球有6%航運經過巴拿馬運河，每年涉及2700億美元貨物，有170個國家使用，巴拿馬運河的安危對世界經濟很重要。

巴拿馬須兼顧國民食水需要

同時，人工水庫加通湖也向巴拿馬超過400萬人提供食水，包括首都巴拿馬城的居民，而加通湖水位下降，亦威脅當地食水供應，政府要平衡國民食水和運河之間的需要。

巴拿馬運河管理局一直想辦法解決淡水供應問題，加強保護運河一帶的樹林，以發揮水綿作用，在旱季時釋出水份。運河管理局於3年前引入淡水附加費，兩年前聘請美軍工兵部隊，希望這些工程師為水利計劃提供意見。他們正考慮在北邊大西洋入口附近興建第三個人工水庫，如果落成，可應付到2075年的需要。

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